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| consensus | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| Scer | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
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| consensus | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| Scer | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
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| consensus | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| Scer | - | - | C | A | C | A | G | T | T | C | A | T | C | A | T | G | T | T | C | G | A | C | G | A | G | C | T | A | C | G | T | G | C | C | A | - | - | - | A | T | T | C | A | T | T | T | C | C | T | C | C | A | C | T | - | - | - | - | A | G |
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| consensus | - | - | - | C | A | T | - | G | - | - | - | A | - | - | T | T | - | - | - | - | T | - | - | C | - | - | - | - | - | - | - | - | A | - | - | - | A | - | A | - | - | - | T | T | - | - | - | T | - | - | - | A | - | - | - | - | - | - | G | - |
| Scer | C | G | A | - | C | C | A | A | T | T | G | C | A | T | A | C | A | T | T | T | T | T | A | T | T | T | T | C | T | A | C | T | T | T | A | A | A | A | C | T | C | A | G | T | A | A | T | G | A | G | C | A | G | T | T | A | C | C | G | G |
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| consensus | - | - | - | - | C | C | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | T | T | - | A | T | T | - | T | - | T | - | - | - | - | T | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
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| consensus | - | C | - | - | - | C | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | A | A | A | A | A | - | - | - | A |
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| consensus | - | - | - | - | T | - | - | A | T | - | - | C | - | - | - | T | - | - | - | A | A | T | - | - | A | - | - | - | - | - | - | - | - | - | C | T | - | - | - | - | A | A | A | T | T | T | T | - | - | - | A | - | A | - | - | A | G | A | A | G |
| Scer | T | G | C | T | T | T | T | A | C | T | T | C | T | C | T | C | A | A | T | C | T | C | T | C | C | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Spar | T | G | T | T | T | T | T | A | C | T | T | C | T | C | T | T | A | A | C | C | T | C | T | C | C | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Smik | A | G | C | T | T | C | T | T | G | T | T | T | T | T | T | T | A | - | C | C | T | C | T | T | C | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sbay | C | A | A | T | T | C | - | A | C | C | T | T | T | T | C | T | A | G | T | A | T | C | T | A | C | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| consensus | - | - | - | T | T | - | - | - | - | - | T | - | T | - | - | - | A | - | - | - | T | C | T | - | C | |||||||||||||||||||||||||||||||||||