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| consensus | - | - | - | - | - | - | - | T | - | - | - | - | A | - | - | - | A | A | - | - | - | T | - | A | - | - | - | - | - | - | A | - | - | - | A | - | - | - | - | - | A | - | T | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| Scer | G | A | A | C | - | A | G | A | C | A | A | T | G | C | T | G | A | T | T | T | G | T | T | T | A | T | A | G | C | G | C | C | T | A | C | A | A | G | T | A | A | T | G | G | C | G | G | C | T | G | T | C | T | G | A | T | - | - | T | C |
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| consensus | - | A | - | - | - | - | - | A | - | - | A | - | - | - | T | - | - | - | - | T | G | - | - | T | - | - | - | - | - | - | - | C | T | - | - | - | - | - | T | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | G | - | - | T | G | - | - | - | - | - | - |
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| Smik | T | A | T | T | G | T | C | T | C | T | T | T | T | T | T | A | A | G | T | A | A | G | G | C | G | C | T | G | A | A | A | A | A | T | T | T | T | C | T | A | C | T | G | A | A | A | A | T | C | T | C | A | A | A | A | T | A | C | T | A |
| Sbay | T | A | T | A | T | T | A | T | C | T | T | T | T | T | T | A | A | G | T | A | A | A | G | C | G | C | T | G | A | A | A | A | A | T | T | T | T | C | T | G | - | - | A | A | A | A | T | T | T | A | T | A | G | T | A | G | T | T | A | C |
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| consensus | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | T | T | T | - | T | A | A | - | - | A | A | - | G | C | G | C | T | G | - | A | A | A | - | T | T | T | T | C | T | - | - | - | - | - | A | A | - | T | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
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| Sbay | T | A | T | A | - | T | T | T | T | A | G | A | G | A | T | G | A | G | A | C | T | C | A | C | A | T | C | A | A | A | C | A | A | G | A | A | G | T | A | A | T | A | A | C | C | A | G | A | T | A | A | G | G | G | A | A | C | - | - | C |
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| consensus | - | - | - | - | - | - | - | - | T | A | G | A | G | A | T | G | A | G | - | - | - | C | A | - | - | T | - | - | - | - | - | A | - | - | - | - | - | - | A | - | - | A | A | - | - | - | - | - | - | A | A | - | - | - | - | - | C | - | - | - |
| Scer | G | G | G | A | A | A | A | G | C | A | A | C | A | A | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Spar | G | G | G | A | A | A | G | A | C | A | A | C | A | A | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Smik | A | G | A | A | A | A | A | A | C | C | A | T | A | A | A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sbay | A | A | G | A | A | A | A | C | C | A | A | C | A | A | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Skud | A | G | A | G | A | A | G | T | G | A | A | C | A | G | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| consensus | - | - | - | - | A | A | - | - | - | - | A | - | A | - | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||