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| consensus | - | - | - | - | A | - | - | - | - | - | - | - | T | - | - | - | - | - | - | - | - | - | T | A | - | - | T | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | T | - | - | A | - | T | - | A | A | - | - |
| Scer | A | G | T | A | C | - | T | A | C | T | G | - | C | G | C | T | G | G | A | G | C | A | G | T | A | T | A | T | A | T | G | T | T | G | A | A | C | T | A | T | A | G | T | C | A | G | T | C | A | C | C | T | A | T | A | A | T | T | T | - |
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| Skud | G | T | A | A | T | - | A | A | A | T | A | G | C | A | C | T | G | G | A | G | T | A | G | T | A | T | A | T | A | T | A | - | T | A | T | A | T | T | T | T | A | G | T | C | - | - | - | - | A | C | C | T | T | C | T | G | T | C | T | - |
| consensus | - | - | - | - | - | - | - | A | - | T | - | - | C | - | - | T | - | - | A | - | - | - | - | - | - | - | - | - | A | - | - | - | - | - | - | A | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | C | T | - | - | - | - | - | - | T | - |
| Scer | - | G | T | T | T | G | C | T | G | G | C | G | C | G | A | A | G | G | A | G | A | A | A | G | - | - | - | A | A | A | A | T | T | T | T | A | A | T | T | A | A | - | - | - | - | - | - | T | T | C | A | T | G | A | A | A | A | G | C | C |
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| Smik | - | C | C | T | T | A | C | T | G | G | C | G | C | G | A | A | A | A | A | G | A | A | G | G | - | - | - | A | A | A | A | T | T | T | T | A | G | T | C | A | A | A | G | A | T | A | - | T | T | G | A | T | C | A | G | A | G | A | C | A |
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| consensus | - | - | - | T | T | - | C | T | G | G | C | G | C | G | A | - | - | - | - | G | - | A | - | - | - | - | - | A | A | A | A | T | T | T | T | A | - | T | - | - | A | - | - | - | - | - | - | T | T | - | A | - | - | A | - | A | - | - | - | - |
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| Smik | C | G | A | A | G | C | A | A | A | G | - | - | - | T | T | A | T | A | G | A | A | A | G | G | T | G | C | A | A | G | A | A | T | G | G | A | A | A | A | A | A | G | G | C | C | C | A | A | A | T | A | A | G | G | G | T | A | A | A | T |
| Sbay | G | T | C | T | G | T | A | A | G | A | G | A | - | G | G | T | T | G | A | A | A | A | A | T | T | T | T | T | T | G | T | T | G | A | A | A | G | G | A | A | A | G | G | G | T | C | A | A | A | A | A | G | G | G | T | G | G | A | A | C |
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| consensus | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | T | - | - | - | A | - | - | - | - | - | - | - | - | G | - | - | - | - | - | A | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | A | A | - | - | - | - | - | G | - | - | - | A | A | - |
| Scer | G | C | A | T | T | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Spar | G | C | A | T | T | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Smik | A | T | A | T | T | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sbay | A | C | G | T | T | A | T | G | A | A | A | T | T | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Skud | A | C | G | T | T | A | T | C | A | A | A | T | C | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| consensus | - | - | - | T | T | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||