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| consensus | - | - | G | A | - | - | A | - | - | A | A | - | - | T | A | - | - | - | - | - | - | - | A | - | A | - | A | A | G | - | A | A | A | - | - | - | - | - | A | - | G | C | - | - | - | - | - | - | - | A | - | - | C | - | - | - | - | - | T | - |
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| Sbay | T | C | T | A | T | A | A | A | T | C | G | G | A | A | G | A | G | A | C | A | G | A | G | G | C | A | A | A | A | A | G | A | G | A | A | A | C | G | T | A | C | G | G | C | A | A | C | A | T | A | T | A | A | G | T | A | G | C | A | C |
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| consensus | T | - | - | - | T | - | - | - | - | - | - | - | - | A | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | A | - | A | A | - | - | A | - | - | A | - | - | - | - | - | - | - | - | - | A | A | - | - | - | A | - | A | - | - | - | - | - | - | - | - |
| Scer | A | - | - | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Smik | - | - | - | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sbay | C | A | - | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Skud | C | A | A | T | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| consensus | - | - | - | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||