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| consensus | - | - | - | - | - | - | - | C | - | C | A | - | - | - | - | - | - | - | - | - | A | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | C | - | - | A | - | - | - | - | - | A | - | A | - | - | T | A | T | - | - | - | - | A | T | A | - | A | - |
| Scer | T | C | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
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| consensus | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| Scer | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
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| consensus | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| Scer | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Spar | T | A | T | A | A | A | C | C | T | C | G | C | C | G | C | G | A | C | T | - | - | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Smik | T | A | T | A | A | G | C | T | T | C | G | T | C | G | C | G | A | G | T | - | - | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sbay | C | C | C | C | C | T | C | C | C | C | A | C | C | A | C | C | A | C | G | A | G | T | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| consensus | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||