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| consensus | - | - | - | A | - | - | - | A | A | - | - | - | - | - | - | - | T | - | T | A | T | A | - | - | - | A | T | - | - | - | - | - | - | - | - | A | - | - | A | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | T |
| Scer | A | T | T | - | - | - | - | A | T | - | T | A | T | A | A | A | G | T | G | C | T | T | C | T | T | T | A | - | - | - | A | A | A | T | T | C | G | C | T | G | C | G | G | A | A | A | T | T | T | C | - | - | - | T | T | C | G | A | G | G |
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| Skud | A | C | T | C | T | C | T | A | T | - | T | A | T | G | A | G | A | A | G | C | T | T | C | T | T | - | - | - | - | - | A | T | T | T | T | C | T | C | T | G | C | G | G | A | A | A | A | T | T | C | - | - | - | T | T | C | G | A | A | G |
| Scas | T | T | T | C | T | T | G | A | C | A | C | A | T | T | T | A | T | T | G | C | T | T | T | A | T | T | T | G | C | T | C | G | A | G | C | C | T | C | G | G | A | T | G | A | A | A | T | T | T | T | C | A | T | T | T | T | A | A | G | G |
| consensus | - | - | T | - | - | - | - | - | - | - | - | A | T | - | - | - | - | - | - | - | - | T | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | C | - | C | - | G | - | - | G | - | A | - | - | T | - | - | - | - | - | T | T | - | - | A | - | G |
| Scer | A | T | G | A | C | T | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | C | A | A | A | T | A | A | G | A | A | A | A | A | A | C | G | A | A | A | A | - | T | T | C | T | G | A | A | A | G | A | G | A | G | A | T | T | T | T | T | A | G | T |
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| Smik | A | T | G | A | C | A | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | T | A | A | A | T | A | A | T | G | A | A | A | A | A | C | G | A | A | A | A | - | A | C | T | T | G | A | A | G | A | A | T | A | A | A | C | T | T | T | A | G | G | C |
| Sbay | A | T | G | A | C | T | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | T | C | A | A | T | T | A | T | G | A | A | A | A | G | G | A | T | G | A | A | - | A | A | - | - | A | A | A | A | G | A | G | A | G | A | T | T | T | A | A | G | G | A |
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| consensus | - | T | G | A | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | A | T | - | A | - | - | - | A | A | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | A | - | - | - | - | A | - | A | - | - | - | - | - | - | - | - |
| Scer | A | T | G | G | A | G | A | A | A | A | C | C | A | G | T | A | C | T | C | C | T | G | C | A | T | A | A | G | A | T | A | T | C | A | A | - | - | G | A | T | A | T | T | A | G | A | T | A | A | C | T | C | T | C | A | A | G | - | - | - |
| Spar | G | T | - | - | A | G | A | C | A | A | T | C | A | G | T | A | C | T | T | C | T | T | C | A | C | A | A | G | A | T | C | C | C | A | A | - | - | G | G | T | A | T | T | A | A | A | T | C | A | C | T | G | C | C | A | A | G | - | - | - |
| Smik | G | T | - | - | A | G | A | T | A | G | T | C | A | A | T | T | C | T | T | T | A | C | T | G | G | G | A | C | A | G | A | T | T | A | A | - | - | A | T | T | A | T | T | A | G | A | T | C | T | C | C | A | C | C | A | A | G | - | - | - |
| Sbay | G | A | - | - | A | G | G | C | G | A | T | C | A | A | T | A | C | T | T | C | T | A | G | A | A | G | A | C | A | G | T | A | C | T | A | T | A | A | T | A | A | G | G | A | G | A | C | G | T | C | T | G | T | C | A | A | A | - | - | - |
| Skud | G | T | - | - | A | A | A | A | A | A | T | C | A | A | A | A | A | C | T | C | C | C | T | T | G | A | A | A | A | G | A | A | C | A | A | - | - | G | T | A | A | T | T | A | G | A | T | C | A | C | T | A | T | T | A | G | A | - | - | - |
| Scas | A | A | C | - | A | T | A | G | A | A | T | C | G | A | A | G | A | G | C | T | C | A | T | A | C | C | T | T | A | G | C | T | C | T | A | C | C | A | C | T | G | C | T | A | C | C | T | A | T | C | C | T | T | T | A | T | T | T | A | A |
| consensus | - | - | - | - | A | - | - | - | - | - | - | C | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | A | - | - | - | - | - | A | - | - | - | - | - | - | - | - | A | - | - | - | - | - | C | - | - | - | - | A | - | - | - | - | - |
| Scer | - | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Spar | - | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Smik | - | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sbay | - | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Skud | - | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Scas | A | A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| consensus | - | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||