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| consensus | T | - | T | - | - | - | - | - | - | A | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | T | - | - | - | - | - | - | T | - | - | T | - | - | - | - | - | - | - | - | - | T | - | - | - | - | A | - | - | - | - | - | - | - | T | - | - |
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| consensus | - | - | - | G | T | T | A | C | C | C | G | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | T | - | T | - | G | - | - | - | - | T | - | - | - | - | C | C | A | - | C | G | - | A | - | - | - | - | C | - | - | - | - |
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| consensus | - | - | - | - | G | T | - | T | - | - | - | T | - | - | - | - | - | - | - | - | A | - | - | C | - | - | T | A | - | - | - | T | - | - | - | - | - | - | - | - | A | - | - | - | A | - | A | - | A | A | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| Scer | T | T | T | C | - | - | - | - | - | - | - | - | G | - | - | - | - | - | - | T | T | T | T | C | A | A | T | C | A | - | - | - | - | - | - | - | C | A | T | T | C | T | A | G | T | T | T | A | C | A | G | T | A | A | T | T | G | A | G | T |
| Spar | T | T | T | C | - | - | - | - | - | - | - | - | A | A | T | T | T | C | T | C | T | T | T | C | G | G | T | T | A | - | - | - | - | - | - | - | C | G | T | T | T | T | A | G | T | C | C | A | C | A | C | T | A | A | T | C | G | A | G | T |
| Smik | A | T | T | T | - | - | - | - | - | - | - | - | G | A | T | A | T | C | C | C | T | T | C | G | A | A | T | T | A | - | - | - | - | - | - | - | T | A | C | T | T | T | A | G | T | T | C | A | T | A | A | T | A | T | T | T | T | A | A | T |
| Sbay | T | T | A | T | T | T | T | G | T | C | G | T | A | T | T | G | T | T | G | T | T | T | G | A | A | A | T | C | A | A | A | A | T | T | T | T | T | G | T | A | T | T | C | T | T | T | T | A | C | A | G | G | A | A | T | T | G | A | G | T |
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| consensus | - | T | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | T | T | - | - | - | - | T | - | A | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | T | - | - | - | - | - | A | - | A | - | - | A | - | T | - | - | A | - | T |
| Scer | C | T | C | G | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Smik | C | C | T | G | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sbay | C | T | C | G | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Skud | T | C | C | G | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| consensus | - | - | - | G | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||