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| consensus | - | - | - | A | - | - | - | A | - | - | A | T | A | - | - | - | - | T | - | - | - | - | - | T | - | - | - | T | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| Scer | G | T | A | A | T | A | A | T | T | T | G | G | T | G | C | G | G | T | G | T | A | T | G | G | G | T | T | C | A | A | G | T | T | C | C | C | A | A | A | A | A | A | A | C | A | A | C | T | A | A | T | T | T | G | C | G | A | C | A | C |
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| Smik | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| consensus | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| Scer | T | T | C | G | T | A | G | T | T | C | T | G | T | G | C | T | T | T | T | A | T | A | T | G | G | A | A | T | A | T | A | C | T | T | G | T | G | G | A | C | T | C | T | A | T | T | C | C | T | G | G | A | T | G | T | A | G | A | T | T |
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| Smik | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| consensus | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| Scer | T | G | C | T | T | A | C | A | G | A | T | A | G | C | C | A | A | G | A | A | A | T | A | T | T | A | G | A | A | A | A | A | T | |||||||||||||||||||||||||||
| Spar | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||||||||||||||||||||||||
| Smik | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||||||||||||||||||||||||
| consensus | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||||||||||||||||||||||||