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| consensus | T | T | - | T | T | T | T | G | T | T | G | A | G | - | - | - | A | T | G | G | T | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| Scer | G | A | A | G | G | G | G | G | A | A | T | T | C | - | - | - | - | T | T | C | A | A | T | A | G | A | G | A | A | G | T | T | T | A | G | T | G | G | T | T | T | C | C | C | T | C | C | G | T | C | A | G | T | G | A | A | T | T | C | G |
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| Smik | G | A | A | G | A | T | A | A | A | G | A | T | C | C | A | T | G | T | C | A | A | A | C | G | G | A | G | C | G | A | T | T | T | A | G | C | A | A | T | T | G | A | A | C | T | T | A | A | G | G | A | A | A | A | A | A | A | T | C | G |
| Sbay | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| consensus | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| Scer | A | G | C | A | A | A | A | A | A | A | T | A | - | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Spar | A | G | C | A | A | A | A | A | A | A | A | G | A | A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Smik | A | G | T | A | A | A | A | A | A | - | - | - | - | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sbay | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| consensus | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||