| MS2 | Target SQT | Decoy SQT 1 | Decoy SQT 2 | Decoy SQT 3 | |
| MudPIT-1 | 152.8MB | 19.7MB | 21.0MB | 21.0MB | 21.0MB |
| MudPIT-2 | 162.5MB | 23.3MB | 24.7MB | 24.8MB | 24.8MB |
| MudPIT-3 | 153.9MB | 22.1MB | 23.5MB | 23.5MB | 23.5MB |
| MudPIT-4 | 143.8MB | 20.8MB | 22.1MB | 22.1MB | 22.1MB |
| MudPIT-5 | 148.7MB | 20.7MB | 21.9MB | 21.9MB | 21.9MB |
| MudPIT-6 | 146.7MB | 21.0MB | 22.2MB | 22.2MB | 22.2MB |
| 20cm | 135.3MB | 18.8MB | 19.8MB | 19.9MB | 19.8MB |
| 40cm | 130.3MB | 18.6MB | 19.7MB | 19.7MB | 19.7MB |
| 60cm | 128.2MB | 18.9MB | 20.0MB | 20.0MB | 20.0MB |
| Chymotrypsin | 392.6MB | 32.2MB | 33.9MB | 33.9MB | 33.9MB |
| Elastase | 344.1MB | 30.8MB | 32.4MB | 32.4MB | 32.4MB |
| TFA | 214.4MB | 29.3MB | 30.9MB | 31.0MB | 30.9MB |